TY - JOUR AU - Stoye, J. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Studies of endogenous retroviruses reveal a continuing evolutionary saga JO - Nature Rev Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2783 DO - 10.1038/nrmicro2783 ID - Stoye2012 ER - TY - JOUR AU - Lee, A. AU - Nolan, A. AU - Watson, J. AU - Tristem, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification of an ancient endogenous retrovirus, predating the divergence of the placental mammals JO - Phil Trans R Soc B VL - 368 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2012.0503 DO - 10.1098/rstb.2012.0503 ID - Lee2013 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - JOUR AU - Hanke, K. AU - Hohn, O. AU - Bannert, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - HERV-K(HML-2), a seemingly silent subtenant - but still waters run deep JO - APMIS VL - 124 UR - https://doi.org/10.1111/apm.12475 DO - 10.1111/apm.12475 ID - Hanke2016 ER - TY - JOUR AU - Jern, P. AU - Coffin, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effects of retroviruses on host genome function JO - Annu Rev Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.42.110807.091501 DO - 10.1146/annurev.genet.42.110807.091501 ID - Jern2008 ER - TY - JOUR AU - Sacha, J. B. AU - Kim, I. -. J. AU - Chen, L. AU - Ullah, J. H. AU - Goodwin, D. A. AU - Simmons, H. A. AU - Schenkman, D. I. AU - Pelchrzim, F. AU - Gifford, R. J. AU - Nimityongskul, F. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Vaccination with cancer- and HIV infection-associated endogenous retrotransposable elements is safe and immunogenic JO - J Immunol VL - 189 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1200079 DO - 10.4049/jimmunol.1200079 ID - Sacha2012 ER - TY - JOUR AU - Kämmerer, U. AU - Germeyer, A. AU - Stengel, S. AU - Kapp, M. AU - Denner, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human endogenous retrovirus K (HERV-K) is expressed in villous and extravillous cytotrophoblast cells of the human placenta JO - J Reprod Immunol VL - 91 ID - Kämmerer2011 ER - TY - JOUR AU - Zhou, F. AU - Krishnamurthy, J. AU - Wei, Y. AU - Li, M. AU - Hunt, K. AU - Johanning, G. L. AU - Cooper, L. J. N. AU - Wang-Johanning, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chimeric antigen receptor T cells targeting HERV-K inhibit breast cancer and its metastasis through downregulation of Ras JO - Oncoimmunology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1080/2162402X.2015.1047582 DO - 10.1080/2162402X.2015.1047582 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Krishnamurthy, J. AU - Rabinovich, B. A. AU - Mi, T. J. AU - Switzer, K. C. AU - Olivares, S. AU - Maiti, S. N. AU - Plummer, J. B. AU - Singh, H. AU - Kumaresan, P. R. AU - Huls, H. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genetic engineering of T cells to target HERV-K, an ancient retrovirus on melanoma JO - Clin Cancer Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-14-3197 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-14-3197 ID - Krishnamurthy2015 ER - TY - JOUR AU - Kassiotis, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Endogenous retroviruses and the development of cancer JO - J Immunol VL - 192 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1302972 DO - 10.4049/jimmunol.1302972 ID - Kassiotis2014 ER - TY - JOUR AU - Bhardwaj, N. AU - Coffin, J. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Endogenous retroviruses and human cancer: is there anything to the rumors? JO - Cell Host Microbe VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.02.013 DO - 10.1016/j.chom.2014.02.013 ID - Bhardwaj2014 ER - TY - JOUR AU - Downey, R. F. AU - Sullivan, F. J. AU - Wang-Johanning, F. AU - Ambs, S. AU - Giles, F. J. AU - Glynn, S. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Human endogenous retrovirus K and cancer: innocent bystander or tumorigenic accomplice? JO - Int J Cancer VL - 137 UR - https://doi.org/10.1002/ijc.29003 DO - 10.1002/ijc.29003 ID - Downey2014 ER - TY - JOUR AU - Zhou, F. L. AU - Li, M. AU - Wei, Y. C. AU - Lin, K. AU - Lu, Y. AU - Shen, J. J. AU - Johanning, G. L. AU - Wang-Johanning, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Activation of HERV-K Env protein is essential for tumorigenesis and metastasis of breast cancer cells JO - Oncotarget VL - 7 UR - https://doi.org/10.18632/oncotarget.11455 DO - 10.18632/oncotarget.11455 ID - Zhou2016 ER - TY - JOUR AU - Lemaitre, C. AU - Tsang, J. AU - Bireau, C. AU - Heidmann, T. AU - Dewannieux, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - A human endogenous retrovirus-derived gene that can contribute to oncogenesis by activating the ERK pathway and inducing migration and invasion JO - PLoS Path VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006451 DO - 10.1371/journal.ppat.1006451 ID - Lemaitre2017 ER - TY - JOUR AU - Maude, S. L. AU - Teachey, D. T. AU - Porter, D. L. AU - Grupp, S. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - CD19-targeted chimeric antigen receptor T-cell therapy for acute lymphoblastic leukemia JO - Blood VL - 125 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2014-12-580068 DO - 10.1182/blood-2014-12-580068 ID - Maude2015 ER - TY - JOUR AU - Sotillo, E. AU - Barrett, D. M. AU - Black, K. L. AU - Bagashev, A. AU - Oldridge, D. AU - Wu, G. AU - Sussman, R. AU - Lanauze, C. AU - Ruella, M. AU - Gazzara, M. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Convergence of acquired mutations and alternative splicing of CD19 enables resistance to CART-19 immunotherapy JO - Cancer Discov VL - 5 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-15-1020 DO - 10.1158/2159-8290.CD-15-1020 ID - Sotillo2015 ER - TY - JOUR AU - Parseval, N. AU - Lazar, V. AU - Casella, J. F. AU - Benit, L. AU - Heidmann, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Survey of human genes of retroviral origin: identification and transcriptome of the genes with coding capacity for complete envelope proteins JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.19.10414-10422.2003 DO - 10.1128/JVI.77.19.10414-10422.2003 ID - Parseval2003 ER - TY - JOUR AU - Wildschutte, J. H. AU - Williams, Z. H. AU - Montesion, M. AU - Subramanian, R. P. AU - Kidd, J. M. AU - Coffin, J. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Discovery of unfixed endogenous retrovirus insertions in diverse human populations JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1602336113 DO - 10.1073/pnas.1602336113 ID - Wildschutte2016 ER - TY - JOUR AU - Turner, G. AU - Barbulescu, M. AU - Su, M. AU - Jensen-Seaman, M. I. AU - Kidd, K. K. AU - Lenz, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Insertional polymorphisms of full-length endogenous retroviruses in humans JO - Curr Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(01)00455-9 DO - 10.1016/S0960-9822(01)00455-9 ID - Turner2001 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, R. P. AU - Wildschutte, J. H. AU - Russo, C. AU - Coffin, J. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification, characterization, and comparative genomic distribution of the HERV-K (HML-2) group of human endogenous retroviruses JO - Retrovirology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-8-90 DO - 10.1186/1742-4690-8-90 ID - Subramanian2011 ER - TY - JOUR AU - Belshaw, R. AU - Watson, J. AU - Katzourakis, A. AU - Howe, A. AU - Woolven-Allen, J. AU - Burt, A. AU - Tristem, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rate of recombinational deletion among human endogenous retroviruses JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02216-06 DO - 10.1128/JVI.02216-06 ID - Belshaw2007 ER - TY - JOUR AU - Hughes, J. F. AU - Coffin, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human endogenous retrovirus K solo-LTR formation and insertional polymorphisms: implications for human and viral evolution JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0307885100 DO - 10.1073/pnas.0307885100 ID - Hughes2004 ER - TY - JOUR AU - Dewannieux, M. AU - Blaise, S. AU - Heidmann, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of a functional envelope protein from the HERV-K family of human endogenous retroviruses JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.24.15573-15577.2005 DO - 10.1128/JVI.79.24.15573-15577.2005 ID - Dewannieux2005 ER - TY - CHAP AU - Swanstrom, R. AU - Wills, J. W. ED - Coffin, J. M. ED - Hughes, S. H. ED - Varmus, H. E. PY - 1997 DA - 1997// TI - Synthesis, assembly, and processing of viral proteins BT - Retroviruses PB - Cold Spring Harbor Laboratory Press CY - New York ID - Swanstrom1997 ER - TY - JOUR AU - West, J. T. AU - Johnston, P. B. AU - Dubay, S. R. AU - Hunter, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mutations within the putative membrane-spanning domain of the simian immunodeficiency virus transmembrane glycoprotein define the minimal requirements for fusion, incorporation, and infectivity JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.20.9601-9612.2001 DO - 10.1128/JVI.75.20.9601-9612.2001 ID - West2001 ER - TY - JOUR AU - Agoni, L. AU - Lenz, J. AU - Guha, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Variant splicing and influence of ionizing radiation on human endogenous retrovirus K (HERV-K) transcripts in cancer cell lines JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0076472 DO - 10.1371/journal.pone.0076472 ID - Agoni2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, T. AU - Meng, Z. AU - Gan, Y. AU - Wang, X. AU - Xu, F. AU - Gu, Y. AU - Xu, X. AU - Tang, J. AU - Zhou, H. AU - Zhang, X. PY - 2013 DA - 2013// TI - The viral oncogene Np9 acts as a critical molecular switch for co-activating beta-catenin, ERK, Akt and Notch1 and promoting the growth of human leukemia stem/progenitor cells JO - Leukemia VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/leu.2013.8 DO - 10.1038/leu.2013.8 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Ruggieri, A. AU - Maldener, E. AU - Sauter, M. AU - Mueller-Lantzsch, N. AU - Meese, E. AU - Fackler, O. T. AU - Mayer, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human endogenous retrovirus HERV-K(HML-2) encodes a stable signal peptide with biological properties distinct from rec JO - Retrovirology VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-6-17 DO - 10.1186/1742-4690-6-17 ID - Ruggieri2009 ER - TY - JOUR AU - Macfarlane, C. M. AU - Badge, R. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide amplification of proviral sequences reveals new polymorphic HERV-K(HML-2) proviruses in humans and chimpanzees that are absent from genome assemblies JO - Retrovirology VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/s12977-015-0162-8 DO - 10.1186/s12977-015-0162-8 ID - Macfarlane2015 ER - TY - JOUR AU - Marchi, E. AU - Kanapin, A. AU - Magiorkinis, G. AU - Belshaw, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Unfixed endogenous retroviral insertions in the human population JO - J Virol VL - 88 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00919-14 DO - 10.1128/JVI.00919-14 ID - Marchi2014 ER - TY - JOUR AU - Fava, P. AU - Bergallo, M. AU - Astrua, C. AU - Brizio, M. AU - Galliano, I. AU - Montanari, P. AU - Tovo, P. A. AU - Novelli, M. AU - Savoia, P. AU - Quaglino, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Human endogenous retrovirus expression in primary cutaneous T-cell lymphomas JO - Dermatology VL - 232 UR - https://doi.org/10.1159/000438669 DO - 10.1159/000438669 ID - Fava2016 ER - TY - JOUR AU - Contreras-Galindo, R. A. AU - Kaplan, M. H. AU - Contreras-Galindo, A. C. AU - Gonzalez-Hernandez, M. AU - Ferlengui, I. AU - Giusti, F. AU - Lorenzo, E. AU - Gitlin, S. D. AU - Dosik, M. H. AU - Yamamura, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization of human endogenous retroviral elements in the blood of HIV-1-infected idividuals JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00602-11 DO - 10.1128/JVI.00602-11 ID - Contreras-Galindo2011 ER - TY - JOUR AU - Contreras-Galindo, R. AU - Kaplan, M. H. AU - Leissner, P. AU - Verjat, T. AU - Ferlenghi, I. AU - Bagnoli, F. AU - Giusti, F. AU - Dosik, M. H. AU - Hayes, D. F. AU - Gitlin, S. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human endogenous retrovirus K (HML-2) elements in the plasma of people with lymphoma and breast cancer JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00646-08 DO - 10.1128/JVI.00646-08 ID - Contreras-Galindo2008 ER - TY - JOUR AU - Bhardwaj, N. AU - Montesion, M. AU - Roy, F. AU - Coffin, J. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Differential expression of HERV-K (HML-2) proviruses in cells and virions of the Teratocarcinoma cell line Tera-1 JO - Viruses VL - 7 UR - https://doi.org/10.3390/v7030939 DO - 10.3390/v7030939 ID - Bhardwaj2015 ER - TY - JOUR AU - Wang-Johanning, F. AU - Radvanyi, L. AU - Rycaj, K. AU - Plummer, J. B. AU - Yan, P. AU - Sastry, K. J. AU - Piyathilake, C. J. AU - Hunt, K. K. AU - Johanning, G. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human endogenous retrovirus K triggers an antigen-specific immune response in breast cancer patients JO - Cancer Res VL - 68 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-07-6838 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-07-6838 ID - Wang-Johanning2008 ER - TY - JOUR AU - Samorodnitsky, E. AU - Jewell, B. M. AU - Hagopian, R. AU - Miya, J. AU - Wing, M. R. AU - Lyon, E. AU - Damodaran, S. AU - Bhatt, D. AU - Reeser, J. W. AU - Datta, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evaluation of hybridization capture versus amplicon-based methods for whole-exome sequencing JO - Hum Mutat VL - 36 UR - https://doi.org/10.1002/humu.22825 DO - 10.1002/humu.22825 ID - Samorodnitsky2015 ER - TY - JOUR AU - Mercer, T. R. AU - Gerhardt, D. J. AU - Dinger, M. E. AU - Crawford, J. AU - Trapnell, C. AU - Jeddeloh, J. A. AU - Mattick, J. S. AU - Rinn, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Targeted RNA sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2024 DO - 10.1038/nbt.2024 ID - Mercer2012 ER - TY - JOUR AU - Agoni, L. AU - Guha, C. AU - Lenz, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Detection of human endogenous retrovirus K (HERV-K) transcripts in human prostate cancer cell lines JO - Front Oncol VL - 3 UR - https://doi.org/10.3389/fonc.2013.00180 DO - 10.3389/fonc.2013.00180 ID - Agoni2013 ER - TY - JOUR AU - Belshaw, R. AU - Pereira, V. AU - Katzourakis, A. AU - Talbot, G. AU - Paces, J. AU - Burt, A. AU - Tristem, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Long-term reinfection of the human genome by endogenous retroviruses JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0307800101 DO - 10.1073/pnas.0307800101 ID - Belshaw2004 ER - TY - JOUR AU - Brinzevich, D. AU - Young, G. R. AU - Sebra, R. AU - Ayllon, J. AU - Maio, S. M. AU - Deikus, G. AU - Chen, B. K. AU - Fernandez-Sesma, A. AU - Simon, V. AU - Mulder, L. C. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - HIV-1 interacts with human endogenous retrovirus K (HML-2) envelopes derived from human primary lymphocytes JO - J Virol VL - 88 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00669-14 DO - 10.1128/JVI.00669-14 ID - Brinzevich2014 ER - TY - JOUR AU - Goering, W. AU - Schmitt, K. AU - Dostert, M. AU - Schaal, H. AU - Deenen, R. AU - Mayer, J. AU - Schulz, W. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Human endogenous retrovirus HERV-K(HML-2) activity in prostate cancer is dominated by a few loci JO - Prostate VL - 75 UR - https://doi.org/10.1002/pros.23095 DO - 10.1002/pros.23095 ID - Goering2015 ER - TY - JOUR AU - Schmitt, K. AU - Reichrath, J. AU - Roesch, A. AU - Meese, E. AU - Mayer, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional profiling of human endogenous retrovirus group HERV-K(HML-2) loci in melanoma JO - Genome Biol Evol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evt010 DO - 10.1093/gbe/evt010 ID - Schmitt2013 ER - TY - STD TI - Flockerzi A, Ruggieri A, Frank O, Sauter M, Maldener E, Kopper B, Wullich B, Seifarth W, Müller-Lantzsch N, Leib-Mösch C, et al. Expression patterns of transcribed human endogenous retrovirus HERV-K(HML-2) loci in human tissues and the need for a HERV transcriptome project. BMC Genomics. 2008;9:354. ID - ref43 ER - TY - JOUR AU - Reis, B. S. AU - Jungbluth, A. A. AU - Frosina, D. AU - Holz, M. AU - Ritter, E. AU - Nakayama, E. AU - Ishida, T. AU - Obata, Y. AU - Carver, B. AU - Scher, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Prostate cancer progression correlates with increased humoral immune response to a human endogenous retrovirus GAG protein JO - Clin Cancer Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-12-3580 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-12-3580 ID - Reis2013 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Laxman, B. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Helgeson, B. E. AU - Cao, X. AU - Morris, D. S. AU - Menon, A. AU - Jing, X. AU - Cao, Q. AU - Han, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct classes of chromosomal rearrangements create oncogenic ETS gene fusions in prostate cancer JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06024 DO - 10.1038/nature06024 ID - Tomlins2007 ER - TY - JOUR AU - Douville, R. AU - Liu, J. K. AU - Rothstein, J. AU - Nath, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of active loci of a human endogenous retrovirus in neurons of patients with amyotrophic lateral sclerosis JO - Ann Neurol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1002/ana.22149 DO - 10.1002/ana.22149 ID - Douville2011 ER - TY - JOUR AU - Philippe, C. AU - Vargas-Landin, D. B. AU - Doucet, A. J. AU - Essen, D. AU - Vera-Otarola, J. AU - Kuciak, M. AU - Corbin, A. AU - Nigumann, P. AU - Cristofari, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Activation of individual L1 retrotransposon instances is restricted to cell-type dependent permissive loci JO - eLife VL - 5 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.13926 DO - 10.7554/eLife.13926 ID - Philippe2016 ER - TY - JOUR AU - Belshaw, R. AU - Dawson, A. L. A. AU - Woolven-Allen, J. AU - Redding, J. AU - Burt, A. AU - Tristem, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomewide screening reveals high levels of insertional polymorphism in the human endogenous retrovirus family HERV-K(HML2): implications for present-day activity JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.19.12507-12514.2005 DO - 10.1128/JVI.79.19.12507-12514.2005 ID - Belshaw2005 ER - TY - JOUR AU - Manghera, M. AU - Douville, R. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Endogenous retrovirus-K promoter: a landing strip for inflammatory transcription factors? JO - Retrovirology VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-10-16 DO - 10.1186/1742-4690-10-16 ID - Manghera2013 ER - TY - JOUR AU - Hurst, T. P. AU - Magiorkinis, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Epigenetic control of human endogenous retrovirus expression: focus on regulation of long-terminal repeats (LTRs) JO - Viruses VL - 9 UR - https://doi.org/10.3390/v9060130 DO - 10.3390/v9060130 ID - Hurst2017 ER - TY - JOUR AU - Montesion, M. AU - Bhardwaj, N. AU - Williams, Z. H. AU - Kuperwasser, C. AU - Coffin, J. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Mechanisms of HERV-K (HML-2) transcription during human mammary epithelial cell transformation JO - J Virol VL - 92 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01258-17 DO - 10.1128/JVI.01258-17 ID - Montesion2018 ER - TY - JOUR AU - Rycaj, K. AU - Plummer, J. B. AU - Yin, B. N. AU - Li, M. AU - Garza, J. AU - Radvanyi, L. AU - Ramondetta, L. M. AU - Lin, K. AU - Johanning, G. L. AU - Tang, D. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cytotoxicity of human endogenous retrovirus K-specific T cells toward autologous ovarian cancer cells JO - Clin Cancer Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-14-0388 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-14-0388 ID - Rycaj2015 ER - TY - JOUR AU - Jones, R. AU - Garrison, K. AU - Mujib, S. AU - Mihajlovic, V. AU - Aidarus, N. AU - Hunter, D. AU - Martin, E. AU - John, V. AU - Zhan, W. AU - Faruk, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - HERV-K–specific T cells eliminate diverse HIV-1/2 and SIV primary isolates JO - J Clin Invest VL - 122 UR - https://doi.org/10.1172/JCI64560 DO - 10.1172/JCI64560 ID - Jones2012 ER - TY - JOUR AU - Schiavetti, F. AU - Thonnard, J. AU - Colau, D. AU - Boon, T. AU - Coulie, P. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - A human endogenous retroviral sequence encoding an antigen recognized on melanoma by cytolytic T lymphocytes JO - Cancer Res VL - 62 ID - Schiavetti2002 ER - TY - STD TI - Langmead B, Salzberg SL. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Methods. 2012;9:357–9. ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Williams, B. A. AU - Pertea, G. AU - Mortazavi, A. AU - Kwan, G. AU - Baren, M. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Wold, B. J. AU - Pachter, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1621 DO - 10.1038/nbt.1621 ID - Trapnell2010 ER - TY - JOUR AU - Hanke, K. AU - Kramer, P. AU - Seeher, S. AU - Beimforde, N. AU - Kurth, R. AU - Bannert, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Reconstitution of the ancestral glycoprotein of human endogenous retrovirus K and modulation of its functional activity by truncation of the cytoplasmic domain JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01368-09 DO - 10.1128/JVI.01368-09 ID - Hanke2009 ER - TY - JOUR AU - Michaud, H. -. A. AU - Mulder, M. AU - SenGupta, D. AU - Deeks, S. G. AU - Martin, J. N. AU - Pilcher, C. D. AU - Hecht, F. M. AU - Sacha, J. B. AU - Nixon, D. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trans-activation, post-transcriptional maturation, and induction of antibodies to HERV-K (HML-2) envelope transmembrane protein in HIV-1 infection JO - Retrovirology VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-11-10 DO - 10.1186/1742-4690-11-10 ID - Michaud2014 ER - TY - JOUR AU - Kraus, B. AU - Fischer, K. AU - Büchner, S. M. AU - Wels, W. S. AU - Löwer, R. AU - Sliva, K. AU - Schnierle, B. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Vaccination directed against the human endogenous retrovirus-K envelope protein inhibits tumor growth in a murine model system JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0072756 DO - 10.1371/journal.pone.0072756 ID - Kraus2013 ER - TY - JOUR AU - Serafino, A. AU - Balestrieri, E. AU - Pierimarchi, P. AU - Matteucci, C. AU - Moroni, G. AU - Oricchio, E. AU - Rasi, G. AU - Mastino, A. AU - Spadafora, C. AU - Garaci, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - The activation of human endogenous retrovirus K (HERV-K) is implicated in melanoma cell malignant transformation JO - Exp Cell Res VL - 315 UR - https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2008.12.023 DO - 10.1016/j.yexcr.2008.12.023 ID - Serafino2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, G. AU - Li, Z. AU - Wan, X. AU - Wang, Y. AU - Dong, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Human endogenous retroviral K element encodes fusogenic activity in melanoma cells JO - J Carcinog VL - 12 UR - https://doi.org/10.4103/1477-3163.109032 DO - 10.4103/1477-3163.109032 ID - Huang2013 ER - TY - JOUR AU - Armitage, A. E. AU - Katzourakis, A. AU - Oliveira, T. AU - Welch, J. J. AU - Belshaw, R. AU - Bishop, K. N. AU - Kramer, B. AU - McMichael, A. J. AU - Rambaut, A. AU - Iversen, A. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Conserved footprints of APOBEC3G on hypermutated human immunodeficiency virus type 1 and human endogenous retrovirus HERV-K(HML2) sequences JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00584-08 DO - 10.1128/JVI.00584-08 ID - Armitage2008 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Peterson, D. AU - Peterson, N. AU - Stecher, G. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr121 DO - 10.1093/molbev/msr121 ID - Tamura2011 ER - TY - STD TI - Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30:2725–9. ID - ref64 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Liao, Y. AU - Smyth, G. K. AU - Shi, W. PY - 2014 DA - 2014// TI - FeatureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt656 DO - 10.1093/bioinformatics/btt656 ID - Liao2014 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome project data P: the sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2018 DA - 2018// TI - Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences JO - Bioinformatics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191 DO - 10.1093/bioinformatics/bty191 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Bray, N. L. AU - Pimentel, H. AU - Melsted, P. AU - Pachter, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3519 DO - 10.1038/nbt.3519 ID - Bray2016 ER -