TY - JOUR AU - Penzkofer, T. AU - Jäger, M. AU - Figlerowicz, M. AU - Badge, R. AU - Mundlos, S. AU - Robinson, P. N. PY - 2017 DA - 2017// TI - L1Base 2: more retrotransposition-active LINE-1s, more mammalian genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw925 DO - 10.1093/nar/gkw925 ID - Penzkofer2017 ER - TY - JOUR AU - Feusier, J. AU - Watkins, W. S. AU - Thomas, J. AU - Farrell, A. AU - Witherspoon, D. J. AU - Baird, L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Pedigree-based estimation of human mobile element retrotransposition rates JO - Genome Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1101/gr.247965.118 DO - 10.1101/gr.247965.118 ID - Feusier2019 ER - TY - JOUR AU - Kazazian, H. H. AU - Moran, J. V. PY - 2017 DA - 2017// TI - Mobile DNA in health and disease JO - N Engl J Med VL - 377 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra1510092 DO - 10.1056/NEJMra1510092 ID - Kazazian2017 ER - TY - JOUR AU - Burns, K. H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transposable elements in cancer JO - Nat Rev Cancer VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrc.2017.35 DO - 10.1038/nrc.2017.35 ID - Burns2017 ER - TY - JOUR AU - Helman, E. AU - Lawrence, M. S. AU - Stewart, C. AU - Sougnez, C. AU - Getz, G. AU - Meyerson, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Somatic retrotransposition in human cancer revealed by whole-genome and exome sequencing JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.163659.113 DO - 10.1101/gr.163659.113 ID - Helman2014 ER - TY - JOUR AU - Tubio, J. M. C. AU - Li, Y. AU - Ju, Y. S. AU - Martincorena, I. AU - Cooke, S. L. AU - Tojo, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mobile DNA in cancer. Extensive transduction of nonrepetitive DNA mediated by L1 retrotransposition in cancer genomes JO - Science VL - 345 UR - https://doi.org/10.1126/science.1251343 DO - 10.1126/science.1251343 ID - Tubio2014 ER - TY - JOUR AU - Schauer, S. N. AU - Carreira, P. E. AU - Shukla, R. AU - Gerhardt, D. J. AU - Gerdes, P. AU - Sanchez-Luque, F. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - L1 retrotransposition is a common feature of mammalian hepatocarcinogenesis JO - Genome Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gr.226993.117 DO - 10.1101/gr.226993.117 ID - Schauer2018 ER - TY - JOUR AU - Coufal, N. G. AU - Garcia-Perez, J. L. AU - Peng, G. E. AU - Yeo, G. W. AU - Mu, Y. AU - Lovci, M. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - L1 retrotransposition in human neural progenitor cells JO - Nature VL - 460 UR - https://doi.org/10.1038/nature08248 DO - 10.1038/nature08248 ID - Coufal2009 ER - TY - JOUR AU - Evrony, G. D. AU - Cai, X. AU - Lee, E. AU - Hills, L. B. AU - Elhosary, P. C. AU - Lehmann, H. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Single-neuron sequencing analysis of L1 retrotransposition and somatic mutation in the human brain JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.09.035 DO - 10.1016/j.cell.2012.09.035 ID - Evrony2012 ER - TY - JOUR AU - Kano, H. AU - Godoy, I. AU - Courtney, C. AU - Vetter, M. R. AU - Gerton, G. L. AU - Ostertag, E. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - L1 retrotransposition occurs mainly in embryogenesis and creates somatic mosaicism JO - Genes Dev VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1803909 DO - 10.1101/gad.1803909 ID - Kano2009 ER - TY - JOUR AU - Hurk, J. A. J. M. AU - Meij, I. C. AU - Carmen Seleme, M. AU - Kano, H. AU - Nikopoulos, K. AU - Hoefsloot, L. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - L1 retrotransposition can occur early in human embryonic development JO - Hum Mol Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddm108 DO - 10.1093/hmg/ddm108 ID - Hurk2007 ER - TY - JOUR AU - Erwin, J. A. AU - Marchetto, M. C. AU - Gage, F. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mobile DNA elements in the generation of diversity and complexity in the brain JO - Nat Rev Neurosci VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrn3730 DO - 10.1038/nrn3730 ID - Erwin2014 ER - TY - JOUR AU - Kurnosov, A. A. AU - Ustyugova, S. V. AU - Nazarov, V. I. AU - Minervina, A. A. AU - Komkov, A. Y. AU - Shugay, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The evidence for increased L1 activity in the site of human adult brain neurogenesis JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0117854 DO - 10.1371/journal.pone.0117854 ID - Kurnosov2015 ER - TY - JOUR AU - Upton, K. R. AU - Gerhardt, D. J. AU - Jesuadian, J. S. AU - Richardson, S. R. AU - Sánchez-Luque, F. J. AU - Bodea, G. O. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ubiquitous L1 mosaicism in hippocampal neurons JO - Cell. VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.03.026 DO - 10.1016/j.cell.2015.03.026 ID - Upton2015 ER - TY - JOUR AU - Goubert, C. AU - Thomas, J. AU - Payer, L. M. AU - Kidd, J. M. AU - Feusier, J. AU - Watkins, W. S. PY - 2020 DA - 2020// TI - TypeTE: a tool to genotype mobile element insertions from whole genome resequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 48 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkaa074 DO - 10.1093/nar/gkaa074 ID - Goubert2020 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez-Martin, B. AU - Alvarez, E. G. AU - Baez-Ortega, A. AU - Zamora, J. AU - Supek, F. AU - Demeulemeester, J. PY - 2020 DA - 2020// TI - Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition JO - Nat Genet VL - 52 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-019-0562-0 DO - 10.1038/s41588-019-0562-0 ID - Rodriguez-Martin2020 ER - TY - JOUR AU - Loh, J. W. AU - Ha, H. AU - Lin, T. AU - Sun, N. AU - Burns, K. H. AU - Xing, J. PY - 2020 DA - 2020// TI - Integrated Mobile element scanning (ME-scan) method for identifying multiple types of polymorphic mobile element insertions JO - Mob DNA VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/s13100-020-00207-x DO - 10.1186/s13100-020-00207-x ID - Loh2020 ER - TY - JOUR AU - Tang, Z. AU - Steranka, J. P. AU - Ma, S. AU - Grivainis, M. AU - Rodić, N. AU - Huang, C. R. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Human transposon insertion profiling: analysis, visualization and identification of somatic LINE-1 insertions in ovarian cancer JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 114 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1619797114 DO - 10.1073/pnas.1619797114 ID - Tang2017 ER - TY - JOUR AU - Ewing, A. D. AU - Gacita, A. AU - Wood, L. D. AU - Ma, F. AU - Xing, D. AU - Kim, M. -. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Widespread somatic L1 retrotransposition occurs early during gastrointestinal cancer evolution JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.196238.115 DO - 10.1101/gr.196238.115 ID - Ewing2015 ER - TY - JOUR AU - Kvikstad, E. M. AU - Piazza, P. AU - Taylor, J. C. AU - Lunter, G. PY - 2018 DA - 2018// TI - A high throughput screen for active human transposable elements JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4485-4 DO - 10.1186/s12864-018-4485-4 ID - Kvikstad2018 ER - TY - JOUR AU - Komkov, A. Y. AU - Minervina, A. A. AU - Nugmanov, G. A. AU - Saliutina, M. V. AU - Khodosevich, K. V. AU - Lebedev, Y. B. PY - 2018 DA - 2018// TI - An advanced enrichment method for rare somatic retroelement insertions sequencing JO - Mob DNA VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13100-018-0136-1 DO - 10.1186/s13100-018-0136-1 ID - Komkov2018 ER - TY - JOUR AU - Mamedov, I. Z. AU - Arzumanyan, E. S. AU - Amosova, A. L. AU - Lebedev, Y. B. AU - Sverdlov, E. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Whole-genome experimental identification of insertion/deletion polymorphisms of interspersed repeats by a new general approach JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni018 DO - 10.1093/nar/gni018 ID - Mamedov2005 ER - TY - STD TI - Evrony GD, Lee E, Park PJ, Walsh CA. Resolving rates of mutation in the brain using single-neuron genomics. Elife. 2016;5. ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Nugmanov, G. A. AU - Komkov, A. Y. AU - Saliutina, M. V. AU - Minervina, A. A. AU - Lebedev, Y. B. AU - Mamedov, I. Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - A pipeline for the error-free identification of somatic Alu insertions in high-throughput sequencing data JO - Mol Biol (Mosk) VL - 53 UR - https://doi.org/10.1134/S0026893319010114 DO - 10.1134/S0026893319010114 ID - Nugmanov2019 ER - TY - JOUR AU - Kivioja, T. AU - Vähärautio, A. AU - Karlsson, K. AU - Bonke, M. AU - Enge, M. AU - Linnarsson, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1778 DO - 10.1038/nmeth.1778 ID - Kivioja2011 ER - TY - JOUR AU - Sudmant, P. H. AU - Rausch, T. AU - Gardner, E. J. AU - Handsaker, R. E. AU - Abyzov, A. AU - Huddleston, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes JO - Nature VL - 526 UR - https://doi.org/10.1038/nature15394 DO - 10.1038/nature15394 ID - Sudmant2015 ER - TY - JOUR AU - Mir, A. A. AU - Philippe, C. AU - Cristofari, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - euL1db: the European database of L1HS retrotransposon insertions in humans JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1043 DO - 10.1093/nar/gku1043 ID - Mir2015 ER - TY - JOUR AU - Pitkänen, E. AU - Cajuso, T. AU - Katainen, R. AU - Kaasinen, E. AU - Välimäki, N. AU - Palin, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Frequent L1 retrotranspositions originating from TTC28 in colorectal cancer JO - Oncotarget VL - 5 UR - https://doi.org/10.18632/oncotarget.1781 DO - 10.18632/oncotarget.1781 ID - Pitkänen2014 ER - TY - JOUR AU - Shukla, R. AU - Upton, K. R. AU - Muñoz-Lopez, M. AU - Gerhardt, D. J. AU - Fisher, M. E. AU - Nguyen, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Endogenous retrotransposition activates oncogenic pathways in hepatocellular carcinoma JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.02.032 DO - 10.1016/j.cell.2013.02.032 ID - Shukla2013 ER - TY - JOUR AU - Cajuso, T. AU - Sulo, P. AU - Tanskanen, T. AU - Katainen, R. AU - Taira, A. AU - Hänninen, U. A. PY - 2019 DA - 2019// TI - Retrotransposon insertions can initiate colorectal cancer and are associated with poor survival JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-11770-0 DO - 10.1038/s41467-019-11770-0 ID - Cajuso2019 ER - TY - JOUR AU - Mamedov, I. AU - Batrak, A. AU - Buzdin, A. AU - Arzumanyan, E. AU - Lebedev, Y. AU - Sverdlov, E. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome-wide comparison of differences in the integration sites of interspersed repeats between closely related genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnf071 DO - 10.1093/nar/gnf071 ID - Mamedov2002 ER - TY - JOUR AU - Stewart, C. AU - Kural, D. AU - Strömberg, M. P. AU - Walker, J. A. AU - Konkel, M. K. AU - Stütz, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A comprehensive map of mobile element insertion polymorphisms in humans JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002236 DO - 10.1371/journal.pgen.1002236 ID - Stewart2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, E. AU - Iskow, R. AU - Yang, L. AU - Gokcumen, O. AU - Haseley, P. AU - Luquette, L. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Landscape of somatic retrotransposition in human cancers JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1222077 DO - 10.1126/science.1222077 ID - Lee2012 ER - TY - JOUR AU - Baillie, J. K. AU - Barnett, M. W. AU - Upton, K. R. AU - Gerhardt, D. J. AU - Richmond, T. A. AU - Sapio, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Somatic retrotransposition alters the genetic landscape of the human brain JO - Nature VL - 479 UR - https://doi.org/10.1038/nature10531 DO - 10.1038/nature10531 ID - Baillie2011 ER -