Table 4 LTR retrotransposons and endogenous retroviruses

ERV1

MLLV

HERVS71

LTR6A, LTR6B

HERVERI

HERVE

LTR2

HERVE_a

LTR2B, LTR2C

HERV3

LTR4, LTR76, LTR61

HERV1_I

HERV1_LTR, HERV1_LTRb, LTR35A

HERV15I (HERV15)

LTR15

HERVI

LTR10B, LTR10B1

HARLEQUIN

HARLEQUION_LTR

HERVW9

HERV17

LTR17

HERV9, PTR5

LTR12, LTR12B, LTR12C, LTR12D, LTR12E, LTR12F

HERV30I (HERV30)

LTR30

HERV35I

LTR35, LTR35B

MER41I (MER41-int)

MER41A, MER41B, MER41D, MER41E, MER41F, MER41G

HERVIPADP

HERVIP10F, HERVIP10FH

LTR10F, LTR10A

HERVP71A_I (HERVP71A)

LTR71A, LTR71B

MER50like

MER50I (MER50-int)

MER50

MER57I (MER57-int), MER57A_I (MER57A-int)

MER57A1, MER57B1, MER57B2, MER57C1, MER57C2, MER57D, MER57E1, MER57E2, MER57E3, MER57F

MER84I (MER84-int)

MER84

HERVHF

HERVH

LTR7A, LTR7B, LTR7C, LTR7Y

HERVH48I (HERVH48)

MER48, LTR21A, MER72

HERVFH19I (HERVFH19)

LTR19

HERV19I

LTR19A

HERVFH21I (HERVFH21)

LTR21B, LTR21C

HERV46I (LTR46-int)

LTR46

HERV-Fc1

HERV-Fc1_LTR1, HERV-Fc1_LTR2, HERV-Fc1_LTR3

HERV-Fc2

HERV-Fc2_LTR

LTR46I

LTR46

HERVFRDlike

PRIMA41

MER41C

PABL_AI

PABL_A

PABL_BI

PABL_B

HERV4_I, MER51I (MER51-int)

HERV4_LTR, MER51A, MER51B, MER51C, MER51D, MER51E, MER61D

MER66_I (MER66-int)

MER66C

HERV39 (LTR39-int)

LTR39

?

PrimLTR79

ERV3–1-i

LTR58

HEPSI

MER65I (MER65-int)

MER65C, MER65A, MER65B, MER65D

MER21I (MER21-int)

MER21, MER21A, MER21B, MER21C, MER21C_BT

MER61I (MER61-int)

MER61C

PRIMA4_I

PRIMA4_LTR

PRIMAX_I (PRIMAX-int)

MER34-int

MER34

MER34B_I (MER34B-int)

MER34B

MER4I (MER4-int)

MER4A, MER4A1, MER4A1_LTR (MER4A1_), MER4C, MER4CL34, MER4D (MER4D0), MER4D1, MER4D_LTR, MER4E, MER4E1

MER4BI (MER4B-int)

MER4B, LTR39

MER89I (MER89-int)

MER89

HERV38I (LTR38-int)

LTR38, LTR38A1, LTR38B, LTR38C

MER31_I (MER31-int)

MER31, MER67A, MER67B, MER67C, MER67D

LOR1I

LOR1, LOR1a_LTR, LOR1B_LTR

LTR43_I (LTR43-int)

LTR43, LTR43B

MER101_I (MER101-int)

MER101

ERV24_Prim

LTR24

ERV24B_Prim

LTR24B

LTR37-int

LTR37A, LTR37B

HUERSP

HUERS-P1

LTR8, LTR8A, LTR8B, LTR35, LTR73, LTR19B, LTR19C

HUERS-P2

LTR1, LTR1A1, LTR1A2, LTR1B, LTR1B0, LTR1B1, LTR1C, LTR1C1, LTR1C2, LTR1C3, LTR1D, LTR1D1, LTR1E, LTR1F, LTR1F1, LTR1F2, LTR28, LTR28B, LTR28C

HUERS-P3

LTR9A1, LTR9B, LTR9C, LTR9D, MER61A, MER61B, MER61E, MER61F

HUERS-P3B

LTR9, LTR25

MER83AI (MER83A-int)

MER83

MER83BI (MER83B-int)

MER83B, MER83C

HERVG25, LTR25-int

LTR25

MER52AI (MER52-int)

MER52A, MER52B, MER52C, MER52D, LTR27D, LTR27E

Unclassified

HERV23 (LTR23-int)

LTR23

HERV49I (LTR49-int)

LTR49

MER110_I (MER110-int)

MER110, MER110A

LTR06, LTR9, LTR24C, LTR26, LTR26B, LTR26C, LTR26D, LTR26E, LTR27, LTR27B, LTR27C, LTR29, LTR31, LTR34, LTR36, LTR44, LTR45, LTR45B, LTR45C, LTR48, LTR48B, LTR51, LTR54, LTR54B, LTR56, LTR59, LTR60, LTR60B, LTR64, LTR65, LTR68, LTR70, LTR72, LTR72B, LTR75_1, LTR78, LTR78B, LTR81A, LTR81AB, LTR81B, LTR81C, LTR2752, MER31A, MER31B, MER34A, MER34A1, MER34C, MER34C2, MER34D, MER39, MER39B, MER49, MER50B, MER50C, MER66A, MER66B, MER66D, MER72B, MER87, MER87B, MER88, MER90, MER90a_LTR (MER90a), MER92A, MER92B, MER92C, MER93, MER95, MER101B

ERV2

HML1

HERV-K14I (HERVK14)

LTR14A, LTR14B

HML2

HERVK

LTR5, LTR5A

HML3

HERVK9I (HERVK9)

MER9a1, MER9a2, MER9a3

HML4

HERVK13I (HERVK13)

LTR13, LTR13A

HML5

HERVK22I (HERVK22)

LTR22A, LTR22B, LTR22B1, LTR22B2, LTR22C, LTR22C0, LTR22C2

HML6

HERVK3I

LTR3, LTR3A, LTR3B

HML7

HERVK11DI (HERVK11D)

MER11D

HML8

HERVK11I (HERVK11)

MER11A, MER11B, MER11C

HML9

HERV-K14CI (HERVK14C)

LTR14C

HML10

HERVKC4

LTR14

LTR5B, LTR5_Hs, LTR22, LTR22E, MER9, MER9B, RLTR10B, RLTR10C

ERV3

HERVL

HERVL

MLT2A1, MLT2A2, MLT2B3, MLT2C2, MLT2D, MLT2F

ERVL

MLT2B2

ERVL-B4

MLT2B4

ERVL-E

MLT2E

ERV3–16A3_I

ERV3–16A3_LTR, LTR16A, LTR16A1, LTR16A2, LTR16B, LTR16B1, LTR16B2, LTR16C, LTR16D, LTR16D1, LTR16D2, LTR16E, LTR16E1, LTR16E2

HERV16

LTR16

ERVL47

LTR47B, LTR47B2, LTR47B3, LTR47B4

HERVS

HERV18 (HERVL18)

LTR18A, LTR18B, LTR18C

HERVL66I (HERVL66)

LTR66

MaLR

MLT-int

MLT1A0, MLT1A1

MLT1F_I (MLT1F-int)

MLT1E, MLT1E1, MLT1E1A, MLT1E2, MLT1F, MLT1F1, MLT1F2

MLT1H_I (MLT1H-int)

MLT1H

MLT1J-int

MLT1J

MLT1_I (MLT1-int)

MLT1C, MLT1C1, MLT1C2

MST_I (MST-int)

MSTA, MSTA1, MSTA2 (MSTB2), MSTB, MSTB1, MSTC, MSTD

THE1_I

THE1A, THE1B, THE1C, THE1D

MLT1B, MLT1D, MLT1G, MLT1G1, MLT1G2, MLT1G3, MLT1H1, MLT1H2, MLT1I, MLT1J1, MLT1J2, MLT1K, MLT1L, MLT1M, MLT1N2, MLT1O

Unclassified

HERVL68, MER68_I (MER68-int)

MER68A (MER68), MER68B, MER68C

HERVL_40 (HERVL40)

LTR40A, LTR40A1, LTR40B, LTR40C

HERVL74

MER74C

HERV52I (LTR52-int)

LTR52

HERV57I (LTR57-int)

LTR57

MER70_I (MER70-int)

MER70A, MER70B, MER70C

MER76-int

MER76

LTR53-int

LTR53, LTR53B

LTR32, LTR33, LTR33A, LTR33B, LTR33C, LTR41, LTR41B, LTR41C, LTR42, LTR47A, LTR47A2, LTR50, LTR55, LTR62, LTR67B, LTR69, LTR75, LTR75B, LTR79, LTR80A, LTR80B, LTR82A, LTR82B, LTR83, LTR84a, LTR84b, LTR86A1, LTR86A2, LTR86B1, LTR86B2, LTR86C, LTR87, LTR89, LTR91, LTR108d_Mam, LTR108e_Mam, MER54, MER54A, MER54B, MER73, MER74, MER74A, MER74B, MER77, RMER10B

Gypsy

MamGyp-int

MamGypLTR1a, MamGypLTR1b, MamGypLTR1c, MamGypLTR1d, MamGypLTR2, MamGypLTR2b, MamGypLTR2c

LTR85a, LTR85b, LTR85c, LTR88a, LTR88b, LTR88c, LTR104_Mam, MamGypLTR3

X1_LR, X2_LR, X3_LR, X4_LR

Unclassified

LTR11, LTR77, LTR77B, LTR90A, LTR90B, MamRep1527, EUTREP10, EUTREP13