Skip to main content

Advertisement

Table 1 Transposable element content. The number of bases and percent of the genome derived from transposable elements was calculated in four species of bats. The percentage of the genome occupied by transposable elements was calculated based on the total genome size, excluding ambiguous regions or scaffold gaps ("N"s)

From: Pinpointing the vesper bat transposon revolution using the Miniopterus natalensis genome

Classification Miniopterus natalensis Myotis lucifugus E. fuscus P. parnelli
Bases Percentage Bases Percentage Bases Percentage Bases Percentage
Transposable elements 415,627,321 23.95 % 518,680,444 27.50 % 478,933,702 26.58 % 383,285,246 24.76 %
 Class I Retrotransposons 388,593,157 22.39 % 424,243,455 22.50 % 383,040,593 21.26 % 346,459,100 22.37 %
Long Terminal Repeats 69,316,646 4.00 % 72,931,404 3.88 % 71,532,426 3.97 % 68,573,030 4.43 %
 ERV 1,092,720 0.06 % 1,038,965 0.06 % 1,149,410 0.06 % 1,499,592 0.10 %
 ERV1 23,526,841 1.36 % 28,053,951 1.49 % 26,324,280 1.46 % 19,669,702 1.27 %
 ERV2 431,937 0.02 % 7,857,605 0.42 % 4,951,316 0.27 % 391,300 0.03 %
 ERV3 41,929,575 2.42 % 34,495,447 1.83 % 37,663,204 2.09 % 45,513,437 2.94 %
 Gypsy 357,161 0.02 % 220,101 0.01 % 272,666 0.02 % 600,987 0.04 %
 LTR 1,978,412 0.12 % 1,265,335 0.07 % 1,171,550 0.07 % 898,012 0.05 %
Long INterspersed Elements 241,612,217 13.92 % 242,431,627 12.85 % 210,106,281 11.66 % 225,554,475 14.57 %
 L1 240,801,801 13.88 % 241,785,916 12.82 % 209,396,239 11.63 % 224,541,665 14.51 %
 L2 63,018 0.00 % 42,706 0.00 % 53,584 0.00 % 158,866 0.01 %
Penelope 3,390 0.00 % 2,619 0.00 % 1,994 0.00 % 3,371 0.00 %
 R4 24,859 0.00 % 14,178 0.00 % 21,390 0.00 % 35,098 0.00 %
 RTE 467,222 0.03 % 425,242 0.02 % 428,374 0.02 % 431,357 0.03 %
 RTEX 246,560 0.01 % 156,754 0.01 % 198,740 0.01 % 376,073 0.02 %
 Tx1 5,367 0.00 % 4,212 0.00 % 5,960 0.00 % 8,045 0.00 %
Short INterspersed Elements 77,664,294 4.47 % 108,880,424 5.77 % 101,401,886 5.63 % 52,331,595 3.37 %
 Unclassified 141,822 0.01 % 113,971 0.01 % 119,602 0.01 % 197,376 0.01 %
 tRNA 77,501,269 4.46 % 108,745,685 5.76 % 101,255,190 5.62 % 52,075,143 3.36 %
 7SL 1,048 0.00 % 1,775 0.00 % 1,914 0.00 % 3,786 0.00 %
 5S 20,155 0.00 % 18,993 0.00 % 25,180 0.00 % 55,290 0.00 %
Class II DNA transposons 26,535,664 1.53 % 91,629,080 4.85 % 92,568,583 5.14 % 36,073,984 2.34 %
 Cut and Paste 26,433,314 1.52 % 47,434,627 2.51 % 35,693,046 1.98 % 35,940,177 2.33 %
 Kolobok 10,135 0.00 % 8,065 0.00 % 10,145 0.00 % 16,113 0.00 %
 MuDR 13,048 0.00 % 12,651 0.00 % 13,221 0.00 % 21,955 0.00 %
 PiggyBac 366,671 0.02 % 261,766 0.01 % 941,162 0.05 % 117,137 0.01 %
TcMar-Mariner 7,537,182 0.43 % 7,941,486 0.42 % 10,197,575 0.57 % 11,885,374 0.77 %
 hAT 18,506,278 1.07 % 39,210,659 2.08 % 24,530,943 1.36 % 23,899,598 1.55 %
Rolling circle 102,350 0.01 % 44,194,453 2.34 % 56,875,537 3.16 % 133,807 0.01 %
 Helitrons 102,350 0.01 % 44,194,453 2.34 % 56,875,537 3.16 % 133,807 0.01 %
 Unknown 498,500 0.03 % 2,807,909 0.15 % 3,324,526 0.18 % 752,162 0.05 %