Phylogenomic analysis reveals genome-wide purifying selection on TBE transposons in the ciliate Oxytricha

Table 3 Features of Oxytricha TBEs and complete TBEs identified in other stichotrich genomes

		Terminal inverted repeat (TIR) (Underline for telomeric repeat)	Target site duplication	Distance (bp) between (mode, % of mode)
			Target site duplication	TIR/42kD	57kD/TIR
Oxytricha trifallax	TBE1	CAAAACCCCAAAACCCCTTAATGAGGTTTA	ANT	3	41
		TAAGTGCTTTGATTTGTAGGGAATTTGTTA		97.7 %	86.5 %
		GGGGTTGGGGTTATTAAT (78 bp)		97.7 %	86.5 %
	TBE2.1	CAAAACCCCAAAACCCTTTCAGTAGTTTGA	ANT	0	23
		TTGAGTTTTTGATTGATAAAAGTAGACTAT		99.1 %	82.3 %
		TAGTGCATACTTTATTAGGGTTTTAATAGG
		GTTTATGTAGGGGTTTAATGTTTAAATATT
		AGTAATTTAAGTGAGTAT (138 bp)
	TBE2.2	CAAAACCCCAAAACCCTTTCAGTAGTTTGA	ANT	21	44
		TTGAGTTTTTGATTGATAAAAGTAGACTAT		96.4 %	86 %
		TAGTGCATACTTTATTAGGGTTTTAATAGG
		GTTTATGTAGGGGTTTAATGTTTAAAT (117 bp)
		CAAAACCCCAAAACCCCTGAAGTTGTTTGA	ANT	26	49
		TTGAGTTTTTGATTGATGAAAGTAGACTAT		97.6 %	92.1 %
		TAACGCATGCTTTATTAGGGTTTTAATAGG
		GTTTATGTAGGGGTTTAGGGTT (112 bp)
	TBE3	CAAAACCCCAAAACCCCTTAGTGAGGTTTA	ANT	17	54
		TAAGTGCTTTGATTTGTAGGGTATAGTTGG		93.3 %	84.6 %
		GGTCTTATTGGGGTTAGTAGAGAAA (85 bp)		93.3 %	84.6 %
Sterkiella histriomuscorum		CAAAACCCCAAAACCCCTTCATGAGTTGTT	ANT	0	28
		TATGAGTTTTTGATTGTGTTGGGATTATTA
		GTGTTTATTAGGGTTTATTAATAATTGGGG
		TTAGTACACAAA (102 bp)
Tetmemena sp.		CAAAACCCCAAAACCCCATAATATGATAAG	ANT	−4	−6
		AAAGTGAAAATAAGTTGTGTATAATTAATT
		TCTTTATTAATACTTATAATCATGC (85 bp)
Laurentiella sp.		CCCAAAACCCCAACTACTTATAAAATGTGA	ANT	1	11
		TTAATAATAAGAATTGATATATATTAATTT
		CATAATTATCAACGTTTTTAGAGTAATTAA
		ACTGCGATGAGTTATATAAA (110 bp)

ISSN: 1759-8753